生物信息学在线分析工具

2022-09-06

公开数据集

转录组分析工具

基因表达分析工具

  • CARMAweb：https://carmaweb.genome.tugraz.at/carma/index.jsp

  • BART：https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart/src/master/

  • GEO2R芯片（GEO在线分析工具）：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/

  • GEPIA（基因表达生存分析）：http://gepia.cancer-pku.cn/index.html

  • GEPIA2：http://gepia2.cancer-pku.cn/#index

  • NetworkAnalyst – comprehensive gene expression profiling & network visual analytics：https://www.networkanalyst.ca/NetworkAnalyst/home.xhtml

  • EcoOmicsAnalyst – a universal platform for RNAseq annotation and quantificationEcoOmicsAnalyst – a universal platform for RNAseq annotation and quantification：https://www.ecoomicsanalyst.ca/#home

  • BioJupies Automatically Generates RNA-seq Data Analysis Notebooks：https://maayanlab.cloud/biojupies/

  • IRIS：https://bmbls.bmi.osumc.edu/IRIS/

    • Alternative server: http://bmbl.sdstate.edu/IRIS/

    • https://github.com/OSU-BMBL/iris/

  • iDEP：http://bioinformatics.sdstate.edu/idep95/

    • https://idepsite.wordpress.com/

miRNA分析工具

富集分析在线工具

原理

基因集富集分析

GSCA : Gene Set Cancer Analysis（癌症基因集分析TCGA，基因表达，突变，甲基化，通路，免疫，药物，GSEA，GSVA）

GSCALite offers you a web-based platform for Gene Set Cancer Analysis.

http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/

GSCA：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/GSCA/

miRNA富集分析工具

miEAA：miRNA Enrichment Analysis and Annotation Tool

官网：https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/

miRNA 富集分析和注释工具 (miEAA) 有助于对 miRNA 集进行功能分析。 随着有关 miRNA 的数据量的增加，对帮助分析它们的工具的需求也在增加。 MiEAA 是这方面的工具之一。 它基于 GeneTrail，它是一种基因集的富集分析工具。 与 GeneTrail 不同的是，miEAA 是为多个经常研究的物种（例如人类、小鼠或大鼠）的 miRNA 前体和成熟 miRNA 量身定制的。

  • 过度表征分析 (ORA)
  • 适用于 microRNA 的基因集富集分析 (GSEA)
  • 成熟 miRNA 和前体的不同类别集
  • 广泛的数据库，共 10 个物种， 包括 H. sapiens、M. musculus、R. norvegicus、A. thaliana、B. taurus、C. elegans、D. melanogaster、D. rerio、G. gallus 和 S. scrofa
  • 超过 130,000 个类别可供分析
  • MiEAA 具有当前 miRBase 版本 v22 中的 ID
  • 结果的下游可视化，例如 miRNA 分类热图
  • 轻松远程访问以使用任一方法进行富集分析 浏览Web-API 或 python / R

参考文献：miEAA 2.0: integrating multi-species microRNA enrichment analysis and workflow management systems doi:10.1093/nar/gkaa309 Nucleic Acids Research (2020)

TAM：miRNA富集工具

官网：http://www.lirmed.com/tam2/

TAM 2.0 是之前发布的 miRNA 集富集分析工具 TAM (http://www.cuilab.cn/tam/) 于 2010 年更新的 Web 服务器。通过人工管理 9,000 多篇论文，增长了两倍多 与之前的 TAM 相比，参考 miRNA 集的数量已经实现。 我们将 miRNA 分为六类 miRNA 集：miRNA 家族集、miRNA 簇集、miRNA 疾病、miRNA 功能集、miRNA-TF 集和组织特异性集。 与之前版本的 TAM 相比，TAM 2.0 中还启用了新的 miRNA 集查询和结果可视化功能。 总之，TAM 2.0 提供了一种工具来挖掘感兴趣的 miRNA 背后的功能和疾病含义。

  • 对于有miRNA或集合关键词的用户，希望浏览相关miRNA集合，可以使用关键词在TAM 2.0中“查询”miRNA集合。

  • 对于拥有一份感兴趣的 miRNA 列表并希望调查其功能或疾病关联的用户，TAM 2.0 可以通过使用统计过度表示分析来“分析”这些 miRNA 在精选 miRNA 集中的富集情况。

  • 对于拥有上调和下调 miRNA 列表（可能从转录组分析中获得）的用户，TAM 2.0 可以“比较”提交的上调和下调 miRNA 与我们手动策划的疾病促进（或疾病- 激活）miRNA 和疾病抑制（或疾病抑制 miRNA）。 通过这样做，将计算与用户提供的失调 miRNA 和其他疾病条件下的 miRNA 的相关性。

  • 更详细的教程，请点击这里

甲基化分析工具

  • Welcome to Shiny Methylation Analysis Resource Tool (SMART)（TCGA甲基化差异，相关性，临床信息，生存分析）：http://www.bioinfo-zs.com/smartapp/
  • DiseaseMeth version 2.0 The human disease methylation database Home（TCGA和GEO人类疾病甲基化数据库差异分析，生存分析）：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/index.html
  • MethSurv : A web tool to perform multivariable survival analysis using DNA methylation data（TCGA甲基化多变量生存分析）：https://biit.cs.ut.ee/methsurv/
  • MEXPRESS visualize DNA methylation, expression and clinical data（TCGA甲基化，表达和临床信息）：https://mexpress.be/
  • 甲基化套件：http://maplab.imppc.org/
  • 基因甲基化和表达数据库MethHC: http://methhc.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
  • MethHC2：https://awi.cuhk.edu.cn/~MethHC/methhc_2020/php/index.php
  • MethBank：单细胞甲基化数据库 http://bigd.big.ac.cn/methbank
  • SMART-BS-Seq：https://pypi.org/project/SMART-BS-Seq/
  • smart：http://fame.edbc.org/smart

通路可视化

ScienceSlide是一款专门做医学图片的ppt插件，安装后，会在PPT界面出现一个工作条，包括了常用元件、信号通路、方法学、生物化学、分子生物学等几千种素材。

只需要选择相应的模板就可以在此基础上，进行文字及分子形状的修改而后做成精致无比、赏心悦目的示意图。

该软件是由华中科技大学薛宇教授的团队CUCKOO做的，非常适合绘制基因结构、序列互作结合的示意图。

这是一款专业的细胞信号通路绘图软件，功能强大，体积容量比较小，使用方便。

软件自带基本元素（分子、细胞、模式生物、甚至人体组织器官及系统的）模板，还自带很多经典通路，在上面可以直接修改，非常方便。

免疫分析

TISIDB: an integrated repository portal for tumor-immune system interactions（癌症，免疫，药物）：http://cis.hku.hk/TISIDB/

Welcome to Checkpoint Therapeutic Targets and Modulators Database (CKTTD) for Cancer Immunotherapy（免疫检查点，治疗位点，免疫治疗）：http://www.ckttdb.org/

EPIC（免疫细胞类型）：http://epic.gfellerlab.org/

TIMER: Tumor IMmune Estimation Resource（TCGA肿瘤免疫评估和相关性分析）

GEPIA（免疫相关性分析）：http://gepia2021.cancer-pku.cn/index.html

TCIA The Cancer Immunome Atlas（癌症免疫数据库）：https://tcia.at/home

生物信息学自由软件开发项目Biopython,Bioperl,Biojava介绍

  • The Bio toolkits – a brief overview

https://academic.oup.com/bib/article/3/3/296/239771

https://doi.org/10.1093/bib/3.3.296

Abstract

Bioinformatics research is often difficult to do with commercial software. The Open Source BioPerl, BioPython and BioJava projects provide toolkits with multiple functionality that make it easier to create customised pipelines or analysis. This review briefly compares the quirks of the underlying languages and the functionality, documentation, utility and relative advantages of the Bio counterparts, particularly from the point of view of the beginning biologist programmer.

[1]杨子恒. DNA进化马尔可夫过程模型的评价与推广[J]. 遗传学报,1994(01):17-23.

BioPython

Github站点: https://github.com/biopython/biopython

官网：https://biopython.org/

中文教程：https://github.com/SiYangming/files/tree/main/docs/BioPython

RNACocktail

A comprehensive framework for accurate and efficient RNA-Seq analysis

https://bioinform.github.io/rnacocktail/

If you use RNACocktail in your work, please cite the following: Sayed Mohammad Ebrahim Sahraeian, Marghoob Mohiyuddin, Robert Sebra, Hagen Tilgner, Pegah T. Afshar, Kin Fai Au, Narges Bani Asadi, Mark B. Gerstein, Wing Hung Wong, Michael P. Snyder, Eric Schadt, and Hugo Y. K. Lam Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis Nature Communications 8, Article number: 59 (2017). doi:10.1038/s41467-017-00050-4

Latest version: https://github.com/bioinform/RNACocktail/archive/v0.2.2.tar.gz

For other versions, see “releases”. https://github.com/bioinform/RNACocktail/releases

System Requirements

# 安装Miniconda，配置bioconda#Python 2.7 and the following Python packages must be installed:conda install -y pybedtools pysam numpy scipy biopython openpyxl pandas xlrdhttps://github.com/deweylab/RSEM

http://ccb.jhu.edu/software.shtml

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

http://labshare.cshl.edu/shares/gingeraslab/www-data/dobin/STAR/STARgenomes/

https://github.com/alexdobin/STAR

Pipline

https://github.com/biomendi/TRANSCRIPTOME-ASSEMBLY-PIPELINE/wiki

https://2015-may-nonmodel.readthedocs.io/en/latest/index.html

https://github.com/ngs-docs/2015-may-nonmodel

rnaseqlib

https://rnaseqlib.readthedocs.io/en/clip/

MISO

genes.mit.edu/burgelab/miso/software.html

http://genes.mit.edu/burgelab/miso/software.html

https://github.com/yarden/MISO

https://github.com/yarden/MISO

miso.readthedocs.org/en/latest/

http://miso.readthedocs.org/en/latest/

软件下载地址

SourceForge - Download, Develop and Publish Free Open Source Software

http://sourceforge.net/

openSEQ download SourceForge.net

http://sourceforge.net/projects/openseq/?source=typ_redirect

生物软件下载–生物谷网站

http://www.bioon.com/soft/

生物软件网-提供生物信息学免费软件和生物信息学、分子生物学图书、图像、视频等资料

http://www.bio-soft.net/

生物软件-中生网

http://www.seekbio.com/soft/list_423_24.html

生物帮生物软件模块,生物在线工具,生物信息学,生物绘图,统计学,分子生物学软件下载

http://soft.bio1000.com/

生物软件论坛 - Powered by Discuz!

http://bbs.bio-soft.net/

中生网免费生物软件生物实验技术和生物网址

http://www.seekbio.com/

生物软件 - 生物秀

http://www.bbioo.com/list-58-1.html

生物软件集合（网盘更新为百度网盘） - bearandcat的日志 - 网易博客

http://bearandcat.blog.163.com/blog/static/2310760732014219102658670/

软件库 - 生物在线 Lab-on-Web

http://www.bioon.com.cn/software/

BioGiga

http://www.biogiga.com/invite/

www.bioxxx.cn

http://www.bioxxx.cn/

生物信息学讨论版 - 丁香园论坛 - 医学.药学.生命科学.科研交流 http://www.dxy.cn/bbs/board/73

生物信息学 中国生命科学论坛 http://www.cnbiosci.com/forum-97-1.html

计算机科学论坛–『?生物信息学?』 http://www.ieee.org.cn/list.asp?boardid=46

生物信息学实验室-生技论坛-生命科学的交流社区！ - Powered by phpwind http://bbs.biogo.net/thread.php?fid=150

网络药理学数据库

CTD数据库：建立“基因-药物-疾病”网络关系

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/u9NMoPipbRVcO_AGLD1MZQ

cMAP数据库

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/S7tPaYej4uGK35-aW71LpA

STITCH数据库：化合物与靶基因互作关系

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/GMFmEn27H-_rwGYKhRbwBw

BlindingDB数据库

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/L3NKMZAueKtPbu1ubZxYnA

chEMBL数据库

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/aancZHSkokhdXP4ak8d0TA

PubChem数据库

挑圈联靠学习链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/JFRucQZoEwYyMuS1OK_YcA

中草药数据库

ETCM数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/0l_OBzItTkb31E8gfDZgUg

DGIdb数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Ts1xi_SnO7PGg3CwIVD_Ug

TCMID数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/P_AQjeZzUPHEC5-i_rw_1w

symMap数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/TzCqiHsgouRhOd9E1TvJ4Q

TCMSP数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/phGSGMoynDarHo09kHi7zg

HERB数据库（本草组鉴）

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/-f6Mwb6BOv9Z3hxPoeucSQ

BATMAN_TCM数据库

挑圈联靠学习链接：https://mp.weixin.qq.com/s/5t9kRkpCBEg5FwpxLdR64Q