R语言5-R简介：R语言扩展包

2019-04-17

utils包中的*.packages函数管理CRAN源的扩展包

BiocManager管理bioconductor中的扩展包

devtools安装开发中扩展包

githubinstall安装github上的扩展包

镜像源

## 修改CRAN的镜像源（官方的软件源在国外，速度会受影响）
# 清华镜像
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
# 中科大镜像
options(repos = c(USTC="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

清华bioconductor镜像网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/bioconductor/

清华CRAN镜像网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/CRAN/

中科大CRAN镜像网址：https://mirrors.ustc.edu.cn/help/CRAN.html

utils包中的*.packages函数



## 列出所有当前可用扩展包
> available.packages()
                              Package                         Version         
A3                            "A3"                            "1.0.0"         
abbyyR                        "abbyyR"                        "0.5.4"         
abc                           "abc"                           "2.1"           
......
## 函数返回一个矩阵形式的扩展包列表，包括软件包名称及当前最新版本

## 安装扩展包
> install.packages("PackageName")

## 查看已安装的软件包
> installed.packages("PackageName")

## 更新软件包
## 更新特定扩展包
> update.packages("PackageName")
## 更新所有软件包
> update.packages()

## 移除扩展包
> remove.packages("PackageName")

BiocManager：管理bioconductor中的扩展包

if (!"BiocManager" %in% rownames(installed.packages()))
     install.packages("BiocManager")
## 修改biocondutor的镜像
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

## 列出所有可以安装的R扩展包
> BiocManager::available()

## 安装扩展包
> BiocManager::install("PackageName")
## 由于许多biocondutor扩展包是依赖CRAN上的扩展包的，因此，BiocManager::install()也可以用来安装CRAN的扩展包
## 同时安装多个扩展包
pkgs <- c("PackageName1", "PackageName2", "PackageName3",...)
BiocManager::install(pkgs)

devtools安装开发中扩展包

https://cran.r-project.org/package=devtools

devtools包含了一系列用来开发R包的工具。

# install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github('hadlley/dplyr')

githubinstall安装github上的扩展包

https://cran.r-project.org/package=githubinstall

#install.packages('githubinstall') 
library(githubinstall)
githubinstall('AnomalyDetection')

R包安装常见错误

第一个：Error in readRDS(file) : unknown input format

  1. 删除.Rhistory和.RData文件

  2. 运行 update.packages()

  3. # List the library paths
# The issue is likely to be in the first directory
paths = .libPaths()
   
## Try and detect bad files
list.files(paths, 
       pattern = "^00LOCK*|*\\.rds$|*\\.RDS$",
       full.names = TRUE)
   
## List files of size 0
l = list.files(paths, full.names = TRUE)
l[sapply(l, file.size) == 0]

参考：https://stackoverflow.com/questions/6473831/readrdsfile-in-r

更新日志

2022年6月13日：更新镜像和包的安装，R包安装常见错误。